Bartın Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 22 Mayıs 2008 tarih ve 5765 sayılı kanun ile kurulan Bartın Üniversitesi`ne bağlı olarak 2008-2009 Eğitim Öğretim yılında faaliyetlerine başlamış, Yüksek Lisans ve Doktora programları olmak üzere iki seviyede lisansüstü eğitimi vermektedir.
Enstitümüzde İnşaat Mühendisliği, Orman Endüstri Mühendisliği, Orman Mühendisliği, Makina Mühendisliği ve Peyzaj Mimarlığı anabilim dallarında Tezli Yüksek Lisans ve Doktora; Biyoloji (Bülent Ecevit Üniversitesi ile ortak), Matematik (Bülent Ecevit Üniversitesi ile ortak), Metalurji ve Malzeme Mühendisliği ile Tekstil Mühendisliği anabilim dallarında Tezli Yüksek Lisans; Orman Endüstri Mühendisliği ile Orman Mühendisliği anabilim dallarında Uzaktan Öğretim Tezsiz Yüksek Lisans programları bulunmaktadır.
Biyoloji İnşaat Mühendisliği Makine Mühendisliği Matematik Metalürji ve Malzeme Mühendisliği
Orman Endüstri Mühendisliği Orman Mühendisliği Peyzaj Mimarlığı Tekstil Mühendisliği