Bartın Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsü, 08.03.2012 tarih ve 28227 Sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 2012/2772 sayılı karar uyarınca kurulmuştur. 2012-2013 Akademik yılında Eğitim Programları ve Öğretim Tezli yüksek lisans programı açılmıştır. 2013-2014 Akademik yılında Yaşam Boyu Öğrenme Tezli, Tezsiz I. ve Tezsiz II Öğretim, Eğitim Programları ve Öğretim Tezsiz I. ve Tezsiz II. Öğretim yüksek lisans programları açılmıştır. 2014-2015 Akademik yılında Beden Eğitimi ve Spor Öğretmenliği Tezli I. ve Tezli II. Öğretim, İlköğretim Matematik Eğitimi Tezli (AİBÜ ile ORTAK), Fen Bilgisi Eğitimi Tezli (AİBÜ ile ORTAK) yüksek lisans programları açılmıştır. 2015-2016 Akademik yılında Sınıf Öğretmenliği Tezli ve Tezsiz I. Öğretim yüksek lisans programı açılmıştır. 2016-2017 Akademik yılında Sosyal Bilgiler Eğitimi Tezli, Fen Bilgisi Eğitimi Tezli ve Tezsiz I. Öğretim yüksek lisans programları ile Eğitim Programları ve Öğretim Doktora Programı, 2017-2018 Akademik yılında Yabancılara Türkçe Öğretimi Programı açılmıştır.
Beden Eğitimi ve Spor Öğretmenliği Bölümü Eğitim Bilimleri Bölümü Matematik ve Fen Bilimleri Türkçe ve Sosyal Bilimler Eğitimi Bölümü
Temel Eğitim Yabancılara Türkçe Eğitimi Yaşam Boyu Öğrenme